W 1956 Abramowiczówna wróciła na uczelnię, początkowo jako adiunkt, by w 1957 przejść na stanowisko docenta w Katedrze Filologii Klasycznej. W 1965 Senat UMK wystąpił o mianowanie jej profesorem nadzwyczajnym, co zostało zrealizowane dopiero w 1973. Obok wykładów prowadziła lektorat z greki. W 1976 przeszła na emeryturę, ale pozostała związana z uczelnią na pół etatu (do końca życia), prowadząc zlecone zajęcia.
Zainteresowania naukowe Zofii Abramowiczówny obejmowały literaturę grecką, leksykografię grecką, historię kultury i sztuki greckiej. Była autorką przekładów z łaciny (m.in. Bukoliki i Georgiki Wergiliusza) i greki (m.in. Plutarcha). W 1955 objęła redakcję Słownika grecko-polskiego, kierując wydaniem czterech tomów w latach 1958–1965. Była też współautorką słownika polsko-starogreckiego. W 2002 roku ukazały się notatki z wykładów profesor Abramowiczówny, zatytułowane O sztuce starożytnej.