Z dniem 15 maja 1939 batalion stał się oddziałem gospodarczym. Stanowisko kwatermistrza batalionu przemianowane zostało na stanowisko zastępcy dowódcy batalionu do spraw gospodarczych, płatnika na stanowisko oficera gospodarczego, zastępcy oficera materiałowego dla spraw uzbrojenia na zbrojmistrza, zastępcy oficera materiałowego dla spraw żywnościowych na oficera żywnościowego.
W sierpniu 1939 baon KOP „Podświle” wszedł jako II batalion w skład sformowanego 3 pułku piechoty KOP. Do 13 września 1939 pułk uczestniczył w walkach z wrogiem na Suwalszczyźnie. 13 września 1939 pułk został przetransportowany na Wołyń w rejon Równe–Kostopol, gdzie uczestniczył w walkach z wojskami sowieckimi. Brał udział w walkach z sowietami 21–22 września 1939 w rejonie wsi Borowicze, a 23 września 1939 w rejonie wsi Radoszyn, gdzie po walce z przeważającymi siłami agresora sowieckiego 3 pp KOP skapitulował.
Po odejściu z garnizonu II/3 pp KOP z pozostałości jednostki w Podświlu oraz wcielonych rekrutów i rezerwistów został wystawiony nowy baon KOP „Podświle”, który wszedł w skład pułku KOP „Głębokie”. Po odtworzeniu, batalion ochraniał granicę z ZSRR o długości 77,573 km.