Oryginał został przeniesiony z kościoła do Muzeum Archidiecezjalnego w Krakowie.
Prócz tego w kościele zachowały się archaiczne elementy wyposażenia, w większości wykonane z desek pokrytych malowidłami. Kościół posiadał soboty od początku swego istnienia, jednak obecne wzniesiono na początku XIX wieku. Początkowo służyły przede wszystkim za ochronę podwaliny kościoła przed wodami opadowymi, a w latach późniejszych po podwyższeniu i zwiększeniu połaci dachowych także wiernym za schronienie.
Atrakcją tego niezwykłego kościoła są dzwonki zazwyczaj leżące w prezbiterium. Są bardzo stare – mogły powstać nawet w XV wieku. Szczególna skala tego instrumentu, określana mianem gamy perskiej (dłuższe płytki dają wyższe tony), została uzyskana przez wykonanie płytek ze specjalnego stopu i zakopanie ich w ziemi na pewien czas.
W kościele znajduje się również XVI-wieczna haftowana chorągiew wojenna z wizerunkiem św. Stanisława ze Szczepanowa. Wedle niepotwierdzonych przekazów zostawiły ją wojska Jana III Sobieskiego powracającego spod Wiednia po zwycięstwie nad Turkami.