W połowie lat 60., podobnie jak inni naukowcy badający sprawę UFO, Vallée dążył do uwierzytelnienia Hipotezy o Istnieniu Życia Pozaziemskiego (ETH). Badacz Jerome ClarkClark, Jerome, The UFO Encyclopedia: 2nd Edition; Volume 1, A-K; Omnigraphics, Inc, 1998, utrzymywał wówczas, że dwie pierwsze książki Vallée na temat UFO, stanowią najbardziej wysublimowaną naukową obronę hipotezy ETH.
Jednak do roku 1969 poglądy Vallée uległy zmianie. On sam przyznał publicznie, że hipoteza ETH jest mocno zawężona i pomija wiele istotnych danych. Vallée rozpoczął badania nad relacjami między UFO a sektami, religią, aniołami, spirytyzmem, kryptozoologią i parapsychologią. Powyższe powiązania zostały po raz pierwszy opisane w trzeciej książce Vallée Passport to Magonia: From Folklore to Flying Saucers. (Paszport do Magonii: Od folkloru do latających talerzy)
Jako alternatywę dla hipotezy mówiącej o nawiedzaniu Ziemi przez istoty pozaziemskie, Vallée wysunął hipotezę wielowymiarowości tych zjawisk. Jest ona w pewnym stopniu rozszerzeniem hipotezy ETH, jednak według nowej teorii rzekome istoty pozaziemskie mogą pochodzić zewsząd, niekoniecznie z kosmosu.