Mimo ciężkich warunków w grubych murach Twierdzy działała świetlica dla żołnierzy, w której odbywały się nawet imprezy kulturalne, na przykład wieczorek recytacji aktorki Zofii Małynicz.
25 sierpnia z włazu mieszczącego się tuż obok Twierdzy wyszli pierwsi ranni i cywile ze Starówki przyprowadzeni przez przewodników z „Żyrafy”. W nocy z 25 na 26 sierpnia właz był wykorzystywany przez ewakuujących się ze Starówki żołnierzy AL. Część z tych żołnierzy zasiliła załogę Twierdzy Zmartwychwstanek.
29 września Niemcy zaczęli generalne natarcie na Żoliborz. Przeciwko liczącej 117 żołnierzy załodze klasztoru i przyległej do niego barykady, z rejonu Instytutu Chemicznego nacierało ok. 2000 żołnierzy niemieckich, 16 czołgów, 6 dział samobieżnych oraz Goliaty. Twierdza była bombardowana przez artylerię i samoloty. Tego dnia zgrupowanie „Żyrafa” straciło w obronie Twierdzy 2/3 żołnierzy. Około godz. 18:30, pod naporem ognia nieprzyjaciela, zapadła decyzja o opuszczeniu Twierdzy przez powstańcówAdam Borkiewicz, Powstanie Warszawskie 1944. Zarys działań natury wojskowej, PAX, Warszawa 1957, s. 640-665.Stanisław Podlewski, Rapsodia Żoliborska, PAX, Warszawa 195, s. 328-419.. Wojska niemieckie nie zajęły klasztoru nawet po zakończeniu powstania, obawiając się, że budynek został dokładnie zaminowany.