Znane są przypadki transferu genów od prokariontów oraz eukariontów ze wszystkich królestw. Dowody wskazują na szczególne rozpowszechnienie HGT między organizmami, które okazjonalnie lub ściśle są ze sobą powiązane. Najczęściej są to relacje mutualistyczne lub pasożytnicze. Liczne badania potwierdzają wyjątkowo dużą aktywność mtDNA roślin w poziomym transferze genów. Mitochondria roślin mają aktywny system pobierania DNA. Nie stwierdzono przypadków HGT dla plastydów i mitochondriów zwierzęcych. Udowodniono także zachodzenie HGT w przypadku genomu jądrowego roślin, łącznie z możliwością fuzji protoplastów. Rośliny pasożytnicze mogą być zarówno biorcą, jak i dawcą genów. Szczególnie dużo nabytych genów stwierdzono u Amborella trichopoda.
Glony z rodzaju Nannochloropsis są obiecującym źródłem biopaliwa. W wyniku poziomego transferu genów genom tych organizmów poza genami pierwotnymi zawiera geny pochodzące od endosymbiontów, którymi były zielenice oraz krasnorosty. Efektem jest wyjątkowo duża zdolność do akumulacji kwasów tłuszczowych i triacylogliceroli (70% biomasy). Około 15% genów zaangażowanych w syntezę lipidów może pochodzić z HGT. Wyjątkowo duże bogactwo enzymów uczestniczących w syntezie lipidów wykazują bakterie. Nannochloropsis mogły nabyć te geny za pośrednictwem krasnorostów.