Obóz przejściowy w Pruszkowie powstał w szóstym dniu powstania warszawskiego (6 sierpnia 1944). Utworzono go na podstawie zarządzenia SS-Obergruppenführera Ericha von dem Bacha-Zelewskiego (dowódcy sił niemieckich wyznaczonych do stłumienia powstania), uzgodnionego dwa dni wcześniej z władzami administracyjnymi Generalnego Gubernatorstwa. Pierwszy transport wypędzonych warszawiaków dotarł do obozu w dniu 7 sierpnia. Znalazło się w nim około 5 tys. ocalałych z rzezi mieszkańców warszawskiej Woli, których najpierw zgromadzono w kościele św. Wojciecha, a później pieszo pognano do Pruszkowa.
Utworzenie obozu pruszkowskiego związane było ze zmianą niemieckich planów odnośnie do losu mieszkańców zbuntowanej Warszawy. Wieczorem 5 sierpnia 1944 Bach doprowadził bowiem (zapewne za wiedzą i zgodą nazistowskich przywódców) do częściowego uchylenia rozkazu Hitlera z 1 sierpnia, nakazującego całkowitą eksterminację mieszkańców miasta – bez względu na wiek i płeć. Bach zakazał swoim oddziałom mordowania kobiet i dzieci, utrzymując jednak w mocy rozkaz likwidacji wszystkich polskich mężczyzn – zarówno wziętych do niewoli powstańców, jak i cywilów. Decyzja ta wynikała nie tyle z pobudek humanitarnych, co z pragmatycznej kalkulacji.