Po uzyskaniu przez Kazachstan niepodległości w 1992 jako Chimik Kustanaj debiutował w Pierwszej Lidze. W 1995 zmienił nazwę na Toboł Kustanaj. Zajmuje co rok wysokie miejsce w Premier-Lidze. Największą gwiazdą zespołu jest Rusłan Bałtijew, który gra w reprezentacji Kazachstanu już 10 lat i był zawodnikiem takich klubów jak Sokoł Saratów, Dinamo Moskwa, Szynnik Jarosław i FK Moskwa. Po sezonie 2006 spędzonym w rezerwach FK Moskwa odszedł do Tobołu. Oprócz niego gra tam kilku reprezentantów Kazachstanu: Nurboł Żumaskalijew, Farchadbek Iriszmetow, Siergiej Skorych, dwóch reprezentantów Turkmenistanu, jeden Kirgistanu oraz uczestnik Pucharu Azji 2007 z ekipy Uzbekistanu Ulugbek Bakajew.
Skład Aktualny na dzień 20 lipca 2022
Sukcesy Wtoraja Liga ZSRR, strefa 8: 3. miejsce (1988) Puchar ZSRR: 1/64 finału (1987/88, 1989/90) Priemjer-Liga: 1. miejsce (2010, 2021) 2. miejsce (2003, 2005, 2007, 2008, 2020) 3.