W latach 1936–1939 był dyrektorem Państwowego Instytutu Meteorologicznego w Warszawie. W okresie okupacji mieszkał w nadleśnictwie Jegiel, uczestniczył w tajnym nauczaniu w Warszawie. Od października 1944 współorganizował Uniwersytet Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie, objął katedrę fizyki ogólnej, od 1945 fizyki teoretycznej. Od 1946 był profesorem Uniwersytetu Jagiellońskiego. Od jesieni 1947 pracował w Instytucie Nielsa Bohra w Kopenhadze.
Był autorem prac głównie z dziedziny optyki.
Od 25 października 1936 był mężem Marianny Otylii Morawskiej.
Zginął podczas wycieczki w Tatrach, w masywie Świnicy. Miejscem spoczynku jest cmentarz Rakowicki w Krakowie (kwatera XXIIa-1-3).
W 1949 odznaczony pośmiertnie Nagrodą Państwową.
Upamiętnienie Od jego nazwiska nazwano Żleb Blatona w masywie Świnicy spadający ze Świnickiej Szczerbiny Niżniej do Doliny Cichej w Tatrach Wysokich, w którym to uległ śmiertelnemu wypadkowi na skutek poślizgnięcia na śniegu. Imieniem Jana Blatona nazwano ulicę na warszawskim Bemowie ()Uchwała nr 60 Rady Narodowej Miasta Stołecznego Warszawy z dnia 22 lutego 1980 r. w sprawie nadania nazw ulicom, "Dziennik Urzędowy Rady Narodowej m.st. Warszawy, Warszawa, dnia 29 czerwca 1980 r., nr 8, poz. 6, s. 2..