„W 1593 roku Szczebrzeszyn przeszedł do Czarnowskich z długami na rzecz Marcina Leśniowolskiego. Z okazji zadłużenia dóbr skorzystał Jan Zamoyski i pozaprawnymi działaniami wszedł w tym samym roku w posiadanie włości szczebrzeszyńskich. Po dwuletnim procesowaniu się, w 1595 roku stał się ostatecznie właścicielem Szczebrzeszyna i od razu włączył go do ordynacji”.
Po unii brzeskiej w 1596 roku parafia szczebrzeszyńska przyjęła unię, a miejscowa cerkiew stała się siedzibą parafii unickiej.
XVII wiek thumb|Renesansowa Synagoga w Szczebrzeszynie W latach 1610–1620, pierwszy dziekan i zarazem proboszcz szczebrzeszyński, ksiądz Mikołaj Kiślicki – prałat lwowski i oficjał chełmski w miejscu zniszczonego kościoła drewnianego własnym nakładem wystawił kościół murowany, ale jeszcze bez wieży, którą do pół wysokości wymurował w 1622 roku ks. Starnigiel. Świątynia w 1620 roku została konsekrowana pod wezwaniem św. Mikołaja przez Jerzego Zamoyskiego, biskupa chełmskiego.
„Najdawniejsza zabudowa Szczebrzeszyna była drewniana. Jedynymi budowlami murowanymi w XVII wieku były: zamek, a właściwie dom wzniesiony na jego miejscu, dwa kościoły, kaplica, cerkiew i synagoga”.