Następnie Batalion przeszedł pod rozkazy brytyjskiej 23 Brygady Piechoty pod dowództwem brygadiera Alexandra Gallowaya. Przebywał wówczas w Sidi Hanaism jako odwód wojsk brytyjskich prowadzących operację „Battleaxe”. Na początku lipca uczestniczył w operacji „Exporter”, czyli w kampanii wojennej wojsk alianckich przeciwko siłom Francji Vichy w Syrii. Nie wziął bezpośredniego udziału w walce, ale w wyniku niespodziewanego ataku artyleryjskiego stracił 1 żołnierza. Po kapitulacji Francuzów 11 lipca, ochraniał do października granicę Syrii z Turcją.
W sierpniu czechosłowacki rząd emigracyjny wystąpił do władz brytyjskich z prośbą o przeniesienie Batalionu do Wielkiej Brytanii, ale Brytyjczycy odmówili. Natomiast 20 października przetransportowali go do oblężonego przez wojska niemiecko-włoskie Tobruku, gdzie podlegał polskiej Samodzielnej Brygadzie Strzelców Karpackich dowodzonej przez generała brygady Stanisława Kopańskiego. Batalion przez 158 dni w tym 51 w walce, uczestniczył w obronie Tobruku tracąc 14 żołnierzy zabitych i 81 rannych. Następnie pozostawał w rejonie Tobruku, początkowo pod rozkazami brytyjskiego XIII Korpusu, a następnie hinduskiej 38 Brygady Piechoty.