Część drużyn podjęła bezpośrednią współpracę z oddziałami zbrojnymi Narodowego Zjednoczenia Wojskowego (NZW).

W połowie 1945 władze HP rozpoczęły starania o zalegalizowanie działalności części drużyn niektóre główne żeńskie w Krakowie i Warszawie funkcjonowały jako koła Polskiego Czerwonego Krzyża, inne włączyły się do oficjalnego ZHP. Wiązało się to ze zmianą początkowo wrogiego stosunku do koncesjonowanego przez komunistyczne władze ruchu harcerskiego, który zasilany przez starą przedwojenną kadrę i członków Szarych Szeregów stawał się jedną z nielicznych oaz niezależności. Nie zdołano jednak doprowadzić końca akcji przenoszenia drużyn do ZHP. W grudniu 1945 Urząd Bezpieczeństwa przeprowadził serię aresztowań działaczy HP. Władze starannie przygotowywały proces komendy HP, który rozpoczął się 20 lutego 1947. Liczono, że jego wydźwięk propagandowy zastraszy młodzież harcerską; sąd wojskowy wydał wyroki do 8 lat. Jednolita ogólnopolska struktura HP przestała istnieć. Do początku lat 50. działalność harcerską kontynuowały rozproszone grupy młodzieży wywodzące się z HP.