Jedną z największych strat organizacji było aresztowanie w nocy z 17/18 maja 1941 przez Gestapo Stanisława Sedlaczka i jego śmierć (3 sierpnia 1941) w obozie koncentracyjnym w Birkenau.
Rozmowy z Szarymi Szeregami na temat zjednoczenia Prowadzone od 1942 do 1944 rozmowy pomiędzy Hufcami Polskimi i Szarymi Szeregami w sprawie zjednoczenia nie przyniosły rezultatu.
Hufce Polskie w powstaniu warszawskim Największe straty Hufce Polskie poniosły podczas powstania warszawskiego. Sformowano harcerskie jednostki wojskowe: Kompanię Harcerską, Harcerski Pluton Łączności oraz pluton sanitarny harcerek, wchodzące w skład batalionu „Gustaw”, które walczyły w obronie Woli, Starego Miasta i Śródmieścia. Trudno ocenić wielkość strat poniesionych przez Hufce Polskie w czasie walk powstańczych. Tylko oddziały harcerskie z Batalionu Gustaw straciły łącznie 66 poległych, co stanowiło 45% ich stanu wyjściowego.