Katolikom został zwrócony w 1654, jednak ich liczba była zbyt mała, aby reaktywować samodzielną parafię, stąd przez następne stulecia Stonawa stanowiła filię parafii w Karwinie. W XVIII wieku po raz pierwszy pojawiła się niemieckojęzyczna nazwa Steinau.

Po zniesieniu poddaństwa miejscowość stanowiła gminę na Śląsku Austriackim, w powiecie sądowym Frysztat, najpierw w powiecie cieszyńskim, potem w samodzielnym powiecie politycznym Frysztat. Tradycyjnie zamieszkała była przez polskojęzycznych Lachów posługujących się odmianą gwary cieszyńskiej. Już pod koniec XVIII wieku w okolicy odnaleziono pokłady węgla, co przyczyniło się do rozwoju ekonomicznego i demograficznego okolicy, jak i samej Stonawy, szczególnie w drugiej połowie XIX wieku. W 1869 otwarto niezwykle ważną Kolej Koszycko-Bogumińską z przystankiem w Stonawie, jednak o nazwie Darków (zlikwidowanym w 1967). W 1850 roku wieś liczyła 1006 mieszkańców, a do 1910 wzrosła do blisko 4000 osób, m.in. dzięki znacznej imigracji z Galicji. Stonawscy ewangelicy przybyli natomiast głównie z pobliskich miejscowości, w 1858 założyli własny cmentarz. W 1900 wybudowano szkołę ewangelicką. W 1909 roku, kiedy funkcjonowała tu stacja kaznodziejska, luteranie stanowili około 20% mieszkańców. W 1910 roku katolicy wybudowali obecny kościół pw.