Poza lodem Podczas lokautu w sezonie 2004/05 Shanahan był pomysłodawcą spotkania nazwanego później "Szczyt Shanahana". W tej dwudniowej konferencji w Toronto uczestniczyli zawodnicy, trenerzy i inni ludzie mający wpływ na NHL a celem rozmów była dyskusja na temat zmian w grze, mających poprawić tempo i jakość widowiska. Skutkiem spotkania było 10 rekomendacji, które zostały następnie przedstawione władzom ligi i związkowi graczy. Wśród nich była propozycja zaadaptowana już przez ligę, że krążek wystrzelony z pola gry przez zawodnika w tercji obronnej kończy się dwuminutową karą, nawet jeśli zawodnikiem tym nie jest bramkarz.
W życiu prywatnym Brendan jest mężem Catherine Janney (byłej żony kolegi Shanahana z St. Louis – Craiga Janneya). Pobrali się 4 lipca 1998 roku. Mają trójkę dzieci – bliźniaki Maggie i Jack urodzili się 23 listopada 2002 roku a córka Catherine Rosaleen 16 października 2006 roku. Shanahan został obywatelem USA 17 maja 2002 roku, lecz wyraża on cały czas chęć i gotowość do gry w reprezentacji Kanady.