Historia thumb|Kopiec Krakusa thumb|Kościół św. Benedykta thumb|upright|Kościół św. Józefa Pierwsze ślady ludzkiej aktywności na obszarze dzisiejszego Podgórza pochodzą sprzed ok. 10 tys. lat, odkryto je na wapiennych wzgórzach Krzemionek Podgórskich. Osadnictwo słowiańskie rozwijało się tutaj prawdopodobnie od VII w. W średniowieczu tereny na prawym brzegu Wisły stanowiły zaplecze gospodarcze dla Krakowa, na którym pozyskiwano surowce budowlane: kamień, piasek, produkowano cegły, wapno, gips itp.
W różnych okresach historii istniały tu osady, m.in. Zabłocie, Płaszów czy Janowa Wola. Pod koniec XIV w. stały się one własnością miasta Kazimierz, w czasie potopu szwedzkiego zostały doszczętnie zniszczone i zapomniane.
Miasto Podgórze powstało wskutek wydarzeń po I rozbiorze Polski (1772). Austriacy, interpretując na swoją korzyść umowę o ustanowieniu granicy na Wiśle, zajęli Kazimierz, oddzielony od Krakowa starym korytem rzeki. Cztery lata później, wskutek protestów strony polskiej, zmuszeni zostali do jego opuszczenia, zachowując jednak prawobrzeżne, dotychczas słabo zagospodarowane i zaludnione przedmieścia.