Ardzinba został w 1994 pierwszym prezydentem nieuznawanej na arenie międzynarodowej Abchazji. Rządził nią de facto jednoosobowo, podpisał w maju 1994 układ gwarantujący wycofanie wojsk walczących stron ze strefy buforowej między Abchazją i Gruzją i zapewniający uchodźcom możliwość powrotu do dawnych miejsc zamieszkania. Prezydent Abchazji utrudniał jednak realizację tego ostatniego zobowiązania, przez co jedynie 20% wypędzonych Gruzinów wróciło do swoich domów, nie odzyskując przy tym całości lub części utraconego mienia. Ardzinba nie zgodził się w tym samym roku na uznanie Abchazji za autonomiczną republikę w granicach Gruzji, żądając, by kraj ten przyjął ustrój konfederacyjny, a Abchazja została uznana za jej człon równorzędny z Gruzją. Rozwiązanie to było niemożliwe do przyjęcia dla rządu gruzińskiego.
Po wybuchu I wojny czeczeńskiej Rosja ochłodziła swoje stanowisko wobec aspiracji rządu abchaskiego. Przewodniczący Dumy Władimir Szumiejko w czasie oficjalnej podróży na Zakaukazie w 1995 nazwał Ardzinbę bandytą, porównując go z Dżocharem Dudajewem, analogicznie wypowiadał się o prezydencie nieuznawanej Abchazji premier Rosji Wiktor Czernomyrdin w czasie swojej wizyty w Tbilisi w tym samym roku.