Jego kariera nabrała rozpędu i blasku gdy cesarz powierzył mu wiosną 1809 r. samodzielne dowództwo korpusem w Hiszpanii. Po pierwszych niepowodzeniach wojskowych w maju 1809 r., spowodowanych katastrofalnym stanem przejętych wojsk, wyczerpanych długotrwałym oblężeniem Saragossy oraz rozgoryczonych brakiem żywności i żołdu, szybko doprowadził swoje oddziały do gotowości bojowej. Już 14 czerwca rozgromił armię hiszpańską pod Maria. Oczyścił powierzoną sobie Aragonię z partyzantów i bandytów. Okazał się bardzo zdolnym administratorem. Jako jedyny spośród dowódców francuskich w Hiszpanii potrafił ułożyć sobie poprawnie stosunki z miejscową ludnością. Unowocześnił feudalny system podatkowy. Ukrócił korupcję, a nawet zwracał zagrabione przez Francuzów pieniądze. Starał się odbudować zniszczony kraj. Zorganizował roboty publiczne przy budowie kanału cesarza Karola V. Odbudował przytułki i szpitale. Zakładał szkoły i planował nowe wodociągi. W trosce o zarządzaną prowincję potrafił sprzeciwić się cesarzowi w sprawie niszczenia angielskich towarów, i jego bratu królowi Hiszpanii Józefowi, który chciał ograbić słynną bazylikę Nuestra Senora del Pilar w Saragossie.