I to właśnie pojawienie się europejskich podróżników i handlarzy przyczyniło się do upadku miasta. Handel drogą morską stanowił o wiele lepszą alternatywę niż wędrówka przez Saharę. Upadek pogłębił jeszcze najazd w 1591 Morysków, najemników na usługach sułtana Maroka Ahmada al-Mansura. W 1893 miasto zostało zrujnowane po zdobyciu przez Francję. Przybywający ponownie w XIX w. podróżnicy z Europy mogli zobaczyć tylko niewielką wioskę z domami zbudowanymi z gliny.
Pierwszym Europejczykiem, który dotarł do Timbuktu 18 sierpnia 1826, był oficer brytyjski Alexander Gordon Laing, natomiast pierwszym, który dotarł do miasta i wrócił cało do Europy, był Francuz René-Auguste CailliéGazeta Wyborcza, 12-13 października 2013..
W zbiorach prywatnych i publicznych bibliotek Timbuktu znajduje się 150 000 manuskryptów. Niektóre z nich pochodzą z XIII wieku. Naukowcy uważają, że pod piaskami Sahary spoczywają kolejne tysiące pism. Teksty te świadczą zarówno o bogactwie literackim, jak i naukowym regionu. Znajdują się wśród nich między innymi podręczniki do matematyki i astronomii oraz pisma traktujące o życiu społecznym i gospodarczym w Timbuktu podczas Złotego Wieku.