w leczeniu orbitopatii tarczycowej) i nerwu wzrokowego (przeprowadzanej najczęściej z powodu pourazowej neuropatii nerwu wzrokowego) oraz chirurgiczne zaopatrzenie niektórych przypadków wycieku płynu mózgowo-rdzeniowego przez nos. Bywa wykorzystywana także do operacji guzów przysadki mózgowej.
Przeciwwskazania Zabiegi FESS są przeciwwskazane w przypadku rozległych zmian (zwłaszcza złośliwych, jeśli niemożliwe jest endoskopowe usunięcie całej zmiany wraz z marginesem), unika się także operowania dzieci. W przypadkach śródoczodołowych powikłań ostrego zapalenia zatok, takich jak ropień oczodołu, zapalenie szpiku kości czołowej i Guz Potta leczenie endoskopowe może być nieskuteczne i preferuje się chirurgię otwartą. Leczenie chirurgiczne z otwartego dostępu powinno być także rozważane gdy poprzednie zabiegi endoskopowe nie przyniosły trwałej poprawy. Względnym przeciwwskazaniem jest palenie papierosów, ponieważ u pacjentów palących, a zwłaszcza kontynuujących palenie po operacji, obserwuje się zwiększone narastanie tkanki ziarninowej w operowanych miejscach, mogące powodować konieczność ponownej operacji.