W latach 90. XX wieku browar w Warce produkował marki piwa: Warka 10,5%, Warka 12,5%, Warka 14%, Warka 16,3%, Warka Ciemne, Hetman, Eksport Specjal.
Prywatyzacja browaru W 1994 roku dokonano prywatyzacji browaru. Właścicielem zakładu została spółka Browary Warka Sp. z o.o., której głównym udziałowcem był Ryszard Varisella. W latach 1994–1996 przeprowadzono w zakładzie gruntowną modernizację i rozbudowę. Browar Warka stał się w tym czasie jednym z największych producentów piwa w Polsce. W 1996 roku zakład kupiła szwajcarska firma Welinvest, która odsprzedała go australijskiej spółce Brewpole B.V.
Browar Grupy Żywiec W 1999 roku browar w Warce został przejęty przez holenderski koncern piwowarski Heineken.
Nowy właściciel postawił na dużą kampanię reklamową, która sprawiła, że sprzedaż produktów browaru jeszcze bardziej wzrosła. W tym czasie promocja dotyczyła głównie jasnego piwa typu pilsner Warka Strong. W 2003 roku zakład w Warce przekształcono w spółkę akcyjną, a następnie rok później włączono w skład Grupy Żywiec. W tym czasie dokonano całkowitej przebudowy budynków browaru i dokończono jego modernizację.
Browar Warka należy do grona najnowocześniejszych zakładów piwowarskich w Europie.