Cajmer był też w czasie odwilży gomułkowskiej atakowany przez prasę za nieprzychylne traktowanie jazzu w latach stalinizmu.
30 kwietnia 1957 Włodzimierz Sokorski prezes Radiokomitetu zezwolił mu na „natychmiastowy wyjazd za granicę na leczenie”, z którego już nigdy do Polski nie powrócił. Osiadł w Izraelu. U schyłku życia przeprowadził się do Lozanny w Szwajcarii, gdzie mieszkał z jedyną córką Emanuelą i tam zmarł. Jego siostry, Róża i Malwina, zginęły w samborskim getcie.
W latach 50. XX wieku modne było powiedzenie „Masz zagrania jak Cajmer o północy” (utwory orkiestry emitowano późną nocą) na określenie dziwnych zachowań.
Utwory mały|240px|Orkiestra Jana Cajmera (1949) Utwory Orkiestry Tanecznej Polskiego Radia pod dyrekcją Jana Cajmera Orkiestra Taneczna Polskiego Radia – Zatańczmy razem (instrumentalny) Marta Mirska – Przyjedź znów Bogdan Niewinowski – Zakochałem się niechcący Natasza Zylska – Pik, pik, pik Orkiestra Taneczna Polskiego Radia – Warszawa w dzień i wieczór (instrumentalny) Marta Mirska – Dwa wiosła Bogdan Niewinowski – Akacje Barbara Barska – Przelotny ptak Orkiestra Taneczna Polskiego Radia – Ja wiem (instrumentalny) Marta Mirska – Urlop Leonard Jakubowski – Pewnie miła zapomniałaś Natasza Zylska – Mój mąż łowi ryby Janusz Gniatkowski – Appassionata (pierwsze nagranie z 3.12.1955) Rena