Po wybuchu wojny wraz z kierownictwem PUWFiPW ewakuuje się w stronę Rumunii, jednak z Zaleszczyk wraca w kierunku Warszawy. Dociera do Zamościa, który zostaje przejęty przez Niemców z rąk sowieckich. W Zamościu włącza się w pomoc polskich żołnierzom dostarczając im fałszywe dowody tożsamości. Wraca do stolicy. Od 15 października 1939 w jej warszawskim mieszkaniu znajduje się punkt kontaktowy majora Henryka Dobrzańskiego „Hubala”. Marianna Cel „Tereska” przekazała Cezarii Iljin Order Virtuti Militari mjr „Hubala” celem naprawy w warszawskim zakładzie medalierskim. W trakcie okupacji studiuje dział urbanistyki na wydziale architektury na tajnej Politechnice. Jednocześnie pracuje w „Polstephan” i wykorzystując sieć firmy pomaga organizacji „Wachlarz” w zdobywaniu dokumentów wyjazdowych i przepustek. W 1943 przystępuje do Armii Krajowej, służy jako dyżurna kursów dywersyjnych KG AK „Zagajnik”.