W 1997 kierowany przez niego blok wyborczy AWS wygrał wybory parlamentarne do Sejmu i Senatu. Koalicja zdobyła prawie 34% głosów wyborców i 201 mandatów w Sejmie oraz 51 w Senacie. W tych samych wyborach Marian Krzaklewski został wybrany do Sejmu III kadencji z okręgu katowickiegoObwieszczenie Państwowej Komisji Wyborczej z dnia 25 września 1997 r. o wynikach wyborów do Sejmu Rzeczypospolitej Polskiej przeprowadzonych w dniu 21 września 1997 r. ().. Był wymieniany jako główny kandydat na stanowisko premiera w nowym rządzie, jednak stanowisko to (po zawarciu koalicji z Unią Wolności) objął Jerzy Buzek, poseł z listy ogólnopolskiej i profesor z Górnego Śląska. Wówczas pojawiło się w mediach określenia „kierowanie z tylnego siedzenia”. W tym okresie zarzucano mu także autorytarny styl przewodniczenia w „Solidarności” i AWS, antagonizowanie organizacji wchodzących w skład bloku, używanie związku do bieżących rozgrywek politycznych i przedkładanie jego interesu ponad interes państwa.