Działalność od 2001 Rozbita i osłabiona wewnętrznymi sporami oraz krytykowana za styl rządów AWS (występująca w 2001 pod nazwą Akcja Wyborcza Solidarność Prawicy) utraciła poparcie społeczne, uzyskując w wyborach parlamentarnych w 2001 5,6% głosów i nie przekraczając wymaganego dla koalicji wyborczych progu 8%. Sam Marian Krzaklewski kandydował do Sejmu z okręgu rzeszowskiego, gdzie uzyskał trzeci najlepszy pod względem liczby głosów wynik w okręgu.
W 2002 zrezygnował z funkcji przewodniczącego „Solidarności” i został zastąpiony przez Janusza Śniadka. Pozostawał później członkiem Komisji Krajowej związku i jego etatowym pracownikiem, w 2017 przeszedł na emeryturę. Zrezygnował także z działalności partyjnej. Od 2004 przez kilkanaście lat był przedstawicielem Polski w Grupie Pracowników Europejskiego Komitetu Ekonomiczno-Społecznego.
W wyborach do Parlamentu Europejskiego w 2009 bez powodzenia ubiegał się o mandat posła z pierwszego miejsca na liście Platformy Obywatelskiej w okręgu wyborczym RzeszówObwieszczenie Państwowej Komisji Wyborczej z dnia 8 czerwca 2009 r. o wynikach wyborów posłów do Parlamentu Europejskiego przeprowadzonych w dniu 7 czerwca 2009 r.