Utracił prawe oko i ogłuchł na prawe ucho, w prawej ręce stracił trzy, a w lewej – dwa środkowe palce. Do końca życia nosił brodę, by ukryć blizny na twarzy. Napad na pociąg nie doszedł do skutku, a rannego przewieziono do szpitala Dzieciątka Jezus w Warszawie, gdzie przeszedł osiem operacji. Jednocześnie został aresztowany przez carską policję. Wytoczono mu proces, w którym jednak został uniewinniony. Sąd uznał, że Sławek chciał dokonać zamachu, ale swojego zamiaru nie zrealizował. Polecono mu jednak opuścić kraj. Trafił do Galicji.
Rozłam w PPS Po rozłamie wewnątrz PPS we wrześniu 1906 r. znalazł się wraz z Piłsudskim w PPS – Frakcji Rewolucyjnej. Tam na jego polecenie zajmował się m.in. organizacją struktur Związku Walki Czynnej.
W Krakowie przeszedł dwie kolejne operacje, które poprawiły stan jego zdrowia. Pomimo tego przeżywał załamanie psychiczne, związane z nabytym kalectwem i śmiercią Wandy Juszkiewiczówny. Z tego powodu został skierowany przez Piłsudskiego do pracy nie wymagającej kontaktu z ludźmi – zajmował się finansami partii, został sekretarzem Polskiego Skarbu Wojskowego. Po kwietniu 1908 r. wyjechał do Paryża, gdzie m.in. udało mu się uzyskać od Ksawerego Praussa listę agentów Ochrany działających w PPS (wśród nich znalazł się m.in. Stanisław Brzozowski).