Jerzy Wyrozumski przypuszcza, że rodzice Janka z Czarnkowa należeli do przedstawicieli drobnej szlachty.
Studiował prawo, czego dowodem jest fakt, że określano go jako iuris peritus (biegły w prawie). Niektóre dokumenty tytułują go omni iure peritus (biegły we wszystkich prawach), co może świadczyć o znajomości zarówno prawa rzymskiego, jak i kanonicznego. Studia prawnicze odbywał zapewne we Włoszech, najprawdopodobniej nie uzyskał jednak stopnia naukowego. Początki kariery urzędniczej Jana przypadają ok. 1348 r., kiedy został on kanclerzem biskupa Andrzeja z Wiślicy. Wraz z nim udał się do Schwerinu (wówczas stolica Hrabstwa Schwerinu, włączonego w 1358 do Meklemburgii), gdzie Andrzej objął godność biskupa. U boku Andrzeja w roku 1355 posłował na dwór papieski do Awinionu.
W 1356 r., po śmierci biskupa Andrzeja, Janko wyjechał do Włocławka, gdzie już wcześniej otrzymał kanonię. W latach 1362–66 kilkukrotnie posłował do Awinionu, zarówno w sprawach kościelnych (z poręki biskupów), jak i państwowych, dzięki czemu zdobywał doświadczenie urzędnicze i obycie w świecie, a także zyskiwał uznanie w kręgach rządzących.