Zniszczenie świątyni mały|Świątynia podczas wysadzenia Decyzja o zniszczeniu soboru i wybudowaniu na jej miejscu Pałacu Rad zapadła 2 lipca 1931, a 5 grudnia tegoż roku świątynia została wysadzona w powietrze. Wymagało to dwóch eksplozji, ponieważ świątynia przetrwała pierwszą. Budowa Pałacu Rad, rozpoczęta w 1937, nigdy nie wyszła z cyklu zerowego, a jej kontynuowaniu stanęła na przeszkodzie II wojna światowa.
Dopiero w 1958 w znajdującym się na miejscu cerkwi wykopie rozpoczęto budowę otwartego basenu pływackiego „Moskwa”.
Odbudowa świątyni Pierwsze próby odbudowy zniszczonej świątyni datują się na koniec lat 80. Kamień węgielny pod budowę wmurowano 5 grudnia 1990. Równocześnie powołano do życia fundację i w 1994 rozpoczęto budowę. Projektantem świątyni był Aleksy Denisow. Dzięki darom budowa postępowała bardzo szybko i dolna świątynia została w dzień Przemienienia Pańskiego 6/19 sierpnia 1996 poświęcona przez patriarchę Aleksego II, który zarazem sprawował pierwszą liturgię. Górna świątynia została udostępniona 31 grudnia 1999, w wigilię 2000. rocznicy Narodzenia Chrystusa. Tamże sprawowano pierwszą od lat Bożonarodzeniową Boską Liturgię. Uroczyste poświęcenie odbudowanej świątyni miało miejsce 19 sierpnia 2000.