Mieczysław Gutkowski był represjonowany od początku wojny, usunięto go najpierw z mieszkania, które wraz z żoną zajmował na ul. Wielkiej. Wraz z innymi profesorami zwolnionymi przez okupacyjne władze litewskie z Uniwersytetu Stefana Batorego w Wilnie (uczelnia została zamknięta), popadł w kłopoty materialne. Spowodowało to, iż głównym źródłem utrzymania stała się dla niego wyprzedaż majątku prywatnego.
Aresztowany przez Litwinów i przez nich natychmiast rozstrzelany w nocy z 16 na 17 września 1943 w podziemiach budynku litewskiej policji bezpieczeństwa Saugumy w Wilnie, w odwecie za wykonanie wyroku przez Kedyw na funkcjonariuszu litewskiej policji bezpieczeństwa Saugumy, Marionie Padabasie.
Na cmentarzu komunalnym Północnym w Warszawie znajduje poświęcona mu płyta granitowa „Pro Memoria”, umieszczona na grobie jego żony.
Publikacje Autor prac, m.in.: Finanse miast Królestwa Polskiego za lata 1815–1915 (1917) Zarys ustawodawstwa z dziedziny skarbowości i gospodarki państwowej oraz komunalnej w 1925 r. na ogólnym tle sytuacji gospodarczej Polski (1927)
Przypisy