W pierwszych dwóch meczach sezonu 2008/2009 Zieliński wyszedł w podstawowym składzie. Następnie, utracił miejsce w pierwszej jedenastce. Nie był również skuteczny – jesienią nie zdobył żadnej bramki. Zagrał również w jednym spotkaniu Młodej Ekstraklasy z Arką Gdynia, w którym strzelił gola. Rundę wiosenną rozpoczął od strzelenia gola na wagę remisu w pojedynku z Wisłą Kraków. Później do siatki rywali trafiał jeszcze trzykrotnie. W kolejnych rozgrywkach Zieliński grę w podstawowym składzie przeplatał występami w końcówkach spotkań. W sezonie 2009/2010 zdobył jedną bramkę w Ekstraklasie – w grudniowym spotkaniu z GKS-em Bełchatów. Pod koniec stycznia 2010 roku został przesunięty do zespołu Młodej Ekstraklasy. Powodem tej decyzji było naruszenie przepisów związanych ze zmianą barw klubowych oraz niewypełnianie warunków kontraktowych. Razem z Rafałem Grzybem, również zawieszonym przez Polonię, poprosił drugiego trenera o rozpisanie indywidualnego planu treningowego. Poza tym ćwiczył też z zespołem Młodej Ekstraklasy.