W lipcu 1992 Transaero otrzymał własne samoloty Ił-86. Przewoźnik w styczniu 1993 uruchomił pierwsze połączenie krajowe na trasie:

Moskwa – Norylsk

Kolejnymi kierunkami, otwartymi przez Transaero z Moskwy były:

Kijów Soczi Ałmaty

W tym samym roku, przewoźnik przekształcił połączenie do Tel Awiwu z czarterowego, w połączenie rejsowe. W latach 1993–1994 Transaero zaczął operować zachodnimi maszynami. Pierwsze tego typu maszyny we flocie przewoźnika to:

Boeing 737-200 Boeing 757-200

Transaero był również pierwszą rosyjską linią lotniczą, która zaczęła korzystać z programu lojalnościowego, który pojawił się w Transaero w 1995. W 1997 linia otrzymała certyfikat CAA. W grudniu 1998 Transaero otworzył połączenie z Moskwy na lotnisko Londyn-Gatwick. W następnych latach przewoźnik wprowadzał kolejne typy samolotów:

Boeing 737-300 Boeing 737-400 Boeing 737-700 Boeing 767-200 Boeing 767-300

W 2003 Transaero składa zamówienie na 10 samolotów Tu-214. W 2005 Transaero dodaje do floty pasażerskie samoloty Boeing 747, i staje się pierwszym przewoźnikiem w Rosji, który użytkuje tego typu samoloty.