30 września 1061 w bazylice odbyła się elekcja papieska, podczas której wybrano papieżem Aleksandra II. Dzień później również w tej bazylice odbyła się koronacja nowego biskupa Rzymu.
Podczas awiniońskiej niewoli papieży bazylika popadła w ruinę. Jej renowacja rozpoczęła się po jej objęciu przez kardynała Mikołaja z Kluzy i była kontynuowana po jego śmierci przez papieży Sykstusa IV i Juliusza II (m.in. obecny portyk został wzniesiony w 1475 roku).
W 1513 w kościele zostało umieszczone mauzoleum papieża Juliusza II, w skład którego wchodzi monumentalna statua Mojżesza Michała Anioła.
W XVII wieku bazylika przeszła renowację, kierowaną przez Francesco Fontanę, która zaowocowała sufitem i nowymi dekoracjami. Kolejna renowacja miała miejsce w latach 1875–1877. Wcześniej łańcuch św. Piotra był przechowywany w zakrystii i pokazywany tylko z okazji ważnych świąt, podczas wzmiankowanej renowacji łańcuch wystawiono na stałą ekspozycję. W połowie XX wieku przeprowadzono następną renowację bazyliki.
Architektura i sztuka Portyk został wzniesiony w XV wieku przez Baccio Pontellego, górna kondygnacja została dodana w 1578 roku, na polecenie kardynała Antoine'a de Granvelle, aby ukryć starą fasadę.