Te sukcesy nie wystarczyły, by w grudniu 1848 wygrać wybory prezydenckie, został bowiem pokonany przez Ludwika Napoleona Bonapartego.
Po utracie władzy na rzecz Bonapartego Cavaignac poświęcił resztę swej kariery politycznej na rzecz wystąpień przeciwko władzy swego rywala. W 1851 na krótki czas był aresztowany. W 1852 wybrano go do Zgromadzenia Legislacyjnego. Odmówił złożenia przysięgi Bonapartemu, który w tym czasie koronował się na cesarza Napoleona III. Ten krok pozbawił generała mandatu, który jednak odzyskał w 1857. Wtedy sytuacja się powtórzyła: Cavaignac po raz kolejny odmówił przysięgania Napoleonowi i znów został wykluczony z parlamentu. Cavaignac zmarł 28 października 1857 na terenie swojej posiadłości w departamencie Sarthe.
Dzieła De la régence d’Alger, note sur l’occupation. – Paris : Victor Magen, 1839.
Bibliografia Alex Axelrod, Charles Phillips Władcy, tyrani, dyktatorzy. Leksykon, wyd. Politeja, Warszawa 2000, s. 102–103 Auguste Deschamps : Eugène Cavaignac. – 2 Bände.