Kilkanaście lat później podczaszy bracławski Remigian Grocholski oraz Jan Szaniawski, dożywotni dzierżawca Lubaszowej i Siedlisk ufundowali dwie stojące do dziś po obu stronach nawy kaplice: św. Barbary i Antoniego.
Wojny polsko-kozackie i spustoszenia dokonane przez Szwedów i Siedmiogrodzian w latach 1655–1657 wpłynęły na upadek Tuchowa i utrudnienia w budowie kościoła (która trwała do 1683). W 1789 w pożarze miasta kościół spłonął. Upadek miasta zaczął się w XVII w. i spowodowany był głównie najazdami wojsk obcych, pożarami, epidemiami i I rozbiorem. Kolejny kościół wybudowano w latach 1791–1794 za sprawą proboszcza tuchowskiego Odona Kontenowicza. Benedyktyni opiekowali się tutejszym sanktuarium jeszcze po kasacie zakonu przez zaborcę – cesarza Józefa I w 1787. Po śmierci ostatniego z nich w 1820 miejsce ich na dwadzieścia cztery lata zajęli jezuici.
W Tuchowie Celina Dębicka w latach 1842–1846 była uczestniczką ruchu niepodległościowego i brała udział w przygotowaniach do powstania skierowanego przeciwko zaborczym władzom austriackim. W dniach rzezi galicyjskiej 1846 w okolicznych dworach podburzeni przez zaborców chłopi dokonali krwawych napadów, np. na Floriana i Juliana Niemyskich w Karwodrzy.