Wydziałami. Wydział V – kierownictwa zakonów męskich i żeńskich, duszpasterstw akademickich, instytutów świeckich, kler zakonny, parafialny, wykładowcy KUL, ATK, wyższych seminariów duchownych, studenci, alumni, zakonnicy, osoby świeckie kontaktujące się z klerem zakonnym. Wydział VI (jako Grupa „D” w latach 1973–1976) – grupa operacyjna do zadań specjalnych, której zadaniem była dezinformacja i dezintegracja (tzw. specjaliści), badanie tendencji odśrodkowych, kontestacyjnych, opracowywanie strategicznych działań dezintegracyjnych, koordynacja działań dezintegracyjnych wszystkich jednostek IV Departamentu, prognozy dotyczące siły koncepcyjno-organizacyjnej Kościoła, koncepcje działań specjalnych w stosunku do zagranicznych instytucji centralnych Kościoła rzymskokatolickiego, zakonów i organizacji katolickich.

Działalność i likwidacja Wieloletnim szefem IV Departamentu był płk Stanisław Morawski (który brał udział m.in. w aresztowaniu prymasa Stefana Wyszyńskiego), zaś jego zastępcą był Henryk Piętek. W 1973 wprowadzony został nowy regulamin i struktura Departamentu IV (zarządzenie organizacyjne Ministra Sprawa Wewnętrznych Stanisława Kowalczyka nr 092/Org z dnia 19 listopada 1973). Powstała wówczas tzw.