5 stycznia 1946 roku odbyła się uroczysta inauguracja pierwszego roku akademickiego. Miasto przekazało na rzecz Uniwersytetu kilka budynków (w 1945 Collegium Maius, Collegium Minus, budynek przy ul. Sienkiewicza 30), które wymagały remontów generalnych.
Działalność UMK w latach 1945–1989 Do 1948 roku głównym zadaniem władz UMK było przygotowanie koniecznych warunków do pracy naukowej i dydaktycznej. W maju 1947 UMK otrzymało budynki przy ul. Grudziądzkiej (dla katedr chemicznych i fizycznych) oraz przy ul. Chopina (dla potrzeb Biblioteki Uniwersyteckiej). W latach 1948–1949 rozpoczęto budowę Obserwatorium Astronomicznego w Piwnicach.
W 1948 roku odbywały się studia na 22 kierunkach. Liczba studentów wynosiła ok. 3,1 tys. Rozpoczęto organizacje konferencji, zjazdów, przeprowadzono doktoraty i habilitacje, sam Uniwersytet włączył się w życie kulturalne Torunia.mały|Collegium Maximum – pełni funkcje reprezentacyjne, a także jest siedzibą Uczelnianego Centrum Informatycznego i Muzeum UniwersyteckiegoW 1949 roku UMK poddano ścisłej kontroli politycznej. W 1951 roku Wydział Matematyczno-Przyrodniczy podzielono na Wydział Biologii i Nauk o Ziemi oraz Matematyki, Fizyki i Chemii. W 1953 roku zlikwidowano Wydział Prawa.