Wojska New Model Army Cromwella, bez rozkazów, rzuciły się do szturmowania murów miejskich, co spowodowało panikę w szeregach obrońców. Wojska Parlamentu ścigały ich na ulicach miasta, zabijając wielu z nich. Kilkuset zginęło lub utonęło próbując przepłynąć rzekę Slaney. Szacunki liczby ofiar różnią się znacznie między sobą. Sam Cromwell oceniał, że zginęło ponad 2 tysiące obrońców przy mniej niż 20 zabitych Anglikach. Ostatnim ogniskiem oporu był rynek miejski. Okrągłogłowi zamordowali także wielu księży katolickich, w tym siedmiu Franciszkanów. Większa część miasta, w tym port, została spalona i splądrowana. W trakcie grabieży miało zginąć około półtora tysiąca cywilów, choć dokładne liczby trudno potwierdzić.
Zniszczenia jakie stały się udziałem Wexford były tak poważne, że miasto nie nadawało się do wykorzystania przez siły parlamentu ani jako port morski, ani jako leże zimowe. Cromwell w liście do Londynu informował, że pozostali cywile uciekli, prosił także, by parlament przysłał mu więcej żołnierzy, którzy zasiedliliby miasto i odbudowali jego port.
Wieść o upadku miasta i losie jego mieszkańców szybko rozeszła się po Irlandii i nadszarpnęła i tak słabe morale sił rojalistyczno-konfederackich.