Zmarł 28 sierpnia o godzinie 14:30 w szpitalu Virgen del Rosario. Bezpośrednią przyczyną śmierci była niewydolność wielonarządowa oraz nieodwracalne uszkodzenia mózgu spowodowane zatrzymaniem akcji serca, do którego doprowadziła dziedziczna arytmogenna kardiomiopatia prawej komory.

Pojawiły się informacje, że nie było to pierwsze zasłabnięcie Puerty, jednakże władze klubu zapewniały, że przedsezonowe badania piłkarza nie były alarmujące. Według kolegów Puerta miał winić za to zmienne warunki meteorologiczne. Władze Sevilli zapewniały, że przeszedł przed rozpoczęciem sezonu dokładne badania lekarskie, które nie wykazały żadnego zagrożenia dla zdrowia piłkarza.

21 października 2007 roku na świat przyszedł syn Antonia, Aitor Antonio Puerta Roldan. Chłopiec urodził się zdrowy, ważył około 4 kg i jeszcze tego samego dnia został zarejestrowany jako członek klubu Sevilla FC.

W 2012 ulica w Sewilli, przy której mieści się dom Puerty, została nazwana jego imieniem.

Sukcesy Sevilla FC

Puchar Króla (1): 2007 Superpuchar Hiszpanii (1): 2007 Puchar UEFA (2): 2006, 2007 Superpuchar Europy (1): 2006