W barażowym meczu z drużyną Odry Górzyca klub dwukrotnie poniósł porażkę, spadając po półrocznej przygodzie w IV lidze do klasy okręgowej. Na skutek wycofania się z III ligi klubu Włókniarz Kietrz i utrzymania się w niej Polonii Słubice w lidze IV znalazło się miejsce dla zawodników MKS. Po formalnym przejęciu przez klub IV-ligowej sekcji piłki nożnej klubu z Jelenina, w kolejnych sezonach Nowe Miasteczko grało w IV lidze pod własnym szyldem, jako MKS „Roana” Nowe Miasteczko.
Sezon 2007/2008 klub zakończył go na ostatnim, 16. miejscu tabeli, z dorobkiem 16 punktów, co skutkowało spadkiem do klasy okręgowej. W sezonie 2010/2011 MKS zakończył sezon w klasie A na 14. miejscu i spadł do klasy B, grupa Nowa Sól. W grupie tej zespół spędził tylko jeden sezon, zajmując 2. miejsce i awansując do klasy A, gr. Zielona Góra II. Kolejne 2 sezony to ponowny spadek (15. miejsce w sezonie 2012/2013) i awans (1. miejsce w sezonie 2013/2014). Od sezonu 2014/2015 zespół występował w klasie A, gr. Zielona Góra III. W sezonie 2023/2024 zdobył mistrzostwo Klasy A z dorobkiem 22 zwycięstw, 3 porażek i jednego remisu. Od sezonu 2024/2025 MKS Nowe Miasteczko występuje w zielonogórskiej klasie okręgowej.