W następnym sezonie klub zainwestował w silnych graczy. Marsaxlokk podpisało kontrakty m.in. z kapitanem reprezentacji Malty Davidem Carabottem, Davidem Camilierim i Malcolmem Licarim oraz znanym piłkarzem reprezentacji Litwy, Donatasem Vencevičiusem. Zaciąg dobrych graczy przyniósł efekty - klub zakończył sezon 2003/2004 na czwartym miejscu w lidze i został finalistą Pucharu Malty, co dało zespołowi miejsce w kwalifikacjach Pucharu UEFA w 2004/2005. Maltańczycy wylosowali w kwalifikacjach słoweński zespół Primorje Ajdovščina (znany w Polsce z meczów z Wisłą Kraków). Marsaxlokk odpadło z rywalizacji, przegrywając 0:1 u siebie i 0:2 w Ajdovščinie.
Był to punkt zwrotny w rozwoju drużyny - ponownie sprowadzono naręcze zagranicznych futbolistów, m.in. dwóch reprezentantów Bułgarii - Hari Milchev Borislavov oraz Nikola Stoychev, także zdolnego Nigeryjczyka Minabo Asechemie.
W sezonie 2005/2006 do Marsaxlokk zawitało jeszcze więcej interesujących piłkarzy: brazylijski snajper Wendell Gomes, były obrońca Boavisty Nuno Gomes, a po niepowodzeniu transferu Paula Gascoigne'a klub wyłożył najwięcej pieniędzy w historii na byłego piłkarza Premiership - Chrisa Bart-Williamsa.