Po powrocie do Los Angeles, zainteresowania Emilie muzyką poważną obejmowały okresy od średniowiecza, przez renesans do baroku. Kontynuowała także badanie gatunków muzyki rozrywkowej takich jak rock i jazz. Po roku do swoich kompozycji wprowadziła wokal. Wtedy też podpisała umowę z jedną z mniej znanych wytwórni muzycznych. Jednak producenci szybko zaczęli ingerować w jej materiał. Wściekła z powodu takiego traktowania oraz z braku zainteresowania ze strony własnego menadżera, Emilie zerwała kontrakt i postanowiła działać na własną rękę. Między innymi występowała wtedy ze znajomymi w barokowym zespole „Ravensong”. W 2000 założyła wytwórnię Traitor Records w celu wydania albumu On A Day…, który skomponowała w 1997. Nagranie to zawierało solówki na skrzypcach w wykonaniu Autumn.
Na początku 2001 przeniosła się do Chicago, gdzie rozpoczęła pracę nad debiutanckim albumem z prawdziwego zdarzenia, nazwanym Enchant. Jako zapowiedź tego albumu wypuściła EP dla utworu „Chambermaid”.
Jako hołd dla ofiar z 11 września, Emilie wydała charytatywny singiel By The Sword. Zyski przekazała Amerykańskiemu Czerwonemu Krzyżowi oraz AmeriCares.