Niewyjaśnione śmierci kierownictwa W latach 2003–2009 miała miejsce seria samobójstw i zabójstw, szeroko komentowana w mediach, której ofiarami padli dyrektorzy i kierownictwo przedsiębiorstwa lub spółek zależnych. Zdaniem badających sprawę dziennikarzy gazety „Izwiestija” przyczynami śmierci nie były działalność koncernu ani informacje niejawne, związane z produkcją broni, ale malwersacje finansowe, dotyczące sprzedaży nieruchomości należących do podległych przedsiębiorstw podczas postępowania upadłościowego.
12 stycznia 2003 roku znaleziono powieszone zwłoki Aleksandra Porieckija (ros. Александр Порецкий), zastępcy dyrektora generalnego fabryki w Petersburgu, należącej do Ałmaz-Antej. Za przyczynę śmierci uznano samobójstwo. Zdaniem dziennikarzy „Izwiestija” Porieckij miał sparaliżowaną prawą rękę, co uniemożliwiłoby mu zawiązanie sznura.
6 czerwca 2003 roku Igor Klimow (ros. Игорь Климов), pełniący obowiązki dyrektora generalnego Ałmaz-Antej, został zastrzelony przed swoim domem w Moskwie. 14 godzin później ofiarą zabójstwa padł Siergiej Szczetko (ros. Сергей Щетко), dyrektor handlowy spółki wchodzącej w skład koncernu.