Dostępne informacje sugerują, że Rosja jest jednym z nielicznych krajów które nie ujawniają żadnych informacji o nieudanych testach, a według oficjalnych informacji rządu rosyjskiego 100% testów kończy się sukcesem.
Rakiety S-400 może korzystać z czterech nowych typów rakiet (48N6E3, 40N6, 9M96E, 9M96E2), a także z rakiet używanych przez poprzedni system S-300PMU2 Faworit (48N6E, 48N6E2). W rezultacie S-400 może być uzbrojony w zestaw różnych rakiet, co zapewnia dużą uniwersalność oraz umożliwia dostosowanie do danego zagrożenia.
48N6E3/48N6DM – pierwsza z nowych rakiet dalekiego zasięgu dla systemu S-400, będąca wersją rozwojową 48N6E2, o zasięgu 240 km 40N6 – rakieta dalekiego zasięgu, mogąca zwalczać cele powietrzne na odległość 400 km. Rakieta ta ma za zadanie niszczenie samolotów kontroli i wczesnego ostrzegania AWACS, JSTARS 9M96E, 9M96E2 – jednostopniowe rakiety o zasięgu odpowiednio 40 i 120 km, przeznaczone do zwalczania samolotów oraz wszelkiego typu broni lotniczej. Są lżejsze i mniejsze od odpowiedników używanych przez inne systemy S-300. Prawdopodobieństwo trafienia ma wynosić 0.9 dla samolotów załogowych i 0.8 dla bezzałogowych.