Odbudowana przez papieża Paschalisa II.
W 1403 papież powierzył opiekę nad kościołem ambrozjanom, którzy zajmowali się nim aż do likwidacji ich zgromadzenia w 1643, ich miejsce zajęli w 1645 dominikanie.
Gruntowna renowacja bazyliki miała miejsce w latach 1713–1719 wg projektu Carlo Stefano Fontany, wtedy też powstała barokowa fasada.
Architektura i sztuka Przed bazyliką znajduje się atrium otoczone antycznymi kolumnami wykonanymi z kamienia pochodzącego z Egiptu.
Wnętrze bazyliki jest trójnawowe. Posadzka autorstwa Cosmatich powchodzi z XII wieku. Strop nawy głównej zdobi fresk Apoteoza św. Klemensa Giuseppe Chiari z 1714–1719. W części środkowej nawy głównej znajduje się schola cantorum (ścianka oddzielająca część dla duchownych i zakonników od części dla świeckich) z VI wieku, pochodząca z wcześniejszego kościoła.
W prezbiterium znajduje się cyborium zdobione cosmatesca z XII wieku, za nim stoi tron biskupi pochodzący ze starej bazyliki.
W górnej części apsydy znajduje się romańska mozaika Tryumf krzyża, w jej centrum umieszczono krzyż z 12 gołębiami symbolizującymi Apostołów, po jego bokach stoją Maryja i św. Jan.