W 2019 otrzymał Medal Stulecia Odzyskanej Niepodległości.
Za działalność naukową i dydaktyczną otrzymał wyróżnienia rektora UMK (1994 i 2002) oraz nagrody rektora UMK II stopnia (2004 i 2008). Odznaczony odznaką „Zasłużony Działacz Kultury” (1999), wyróżniony „Złotą Karetą” przez redakcję „Nowości” (2005), Medalem „Pro Memoria” (2009), Nagrodą Marszałka Województwa Kujawsko-Pomorskiego za osiągnięcia w pracy naukowej (2010), Medalem „Za zasługi dla Miasta Torunia” na wstędze (2015), Medalem „Thorunium” (2023), Nagrodą Starosty Toruńskiego im. Adama Schedlin-Czarlińskiego (2023), Złotym Medalem „Zasłużony dla Nauki Polskiej Sapientia et Veritas” (2023) oraz Medalem „Pro Patria” (2023).
Dwukrotny laureat nagrody Feniks: w 2020 za książkę Zbrodnia i grabież. Jak Niemcy tuszują prawdę o sobie oraz w 2024 za książkę Najmłodsi bohaterowie. Historia polskich dzieci X–XXI w. Opowieści o walce i cierpieniu.