Od kwietnia 1944 instruktor dywersji w Oddziale Dyspozycyjnym Kedywu „Broda 53”, a także instruktor szkoły dywersji o kryptonimie „Zagajnik”. thumb|250px|Tablica na wojskowych Powązkach, upamiętniająca poległych i pomordowanych żołnierzy „Osy”-„Kosy” z nazwiskiem Jakubowskiego
W powstaniu warszawskim jako adiutant mjr Jana Kajusa Andrzejewskiego ps. Jan, dowódcy Brygady Dywersji „Broda 53”, wchodzącej w skład Zgrupowania „Radosław”. Uczestniczył w walkach na Woli, Muranowie oraz Starym Mieście. Poległ w nocy 31 dnia powstania warszawskiego w walkach powstańczych przy ul. Bielańskiej, gdy wraz z innymi żołnierzami oddziału przebijał się ze Starego Miasta do Śródmieścia. Miał 24 lata. Polegli wtedy także m.in.: Czesław Nantel, Józef Hłasko, Jan Kajus Andrzejewski, Stefan Kowalewski. Pochowany na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie w kwaterze żołnierzy batalionu „Zośka” (kwatera A20-5-13).
Ewaryst Jakubowski został odznaczony Krzyżem Walecznych i pośmiertnie Krzyżem Srebrnym Orderu Wojennego Virtuti Militari z rozkazu Dowódcy AK nr 512 z 2 X 1944. Nr krzyża: 13377Dane według: Wielka Ilustrowana Encyklopedia Powstania Warszawskiego, tom 4. Kawalerowie Orderu Wojennego Virtuti Militari – Powstanie Warszawskie. Opracował Andrzej Krzysztof Kunert, Dom Wydawniczy "Bellona", Warszawa 1997.