Ocena Przez historyków jest oceniany najczęściej jako papież silny i wybuchowy (nosił przydomek „Il terrible”). Był dobrym administratorem, który pozostawił po sobie pełny skarbiec papieski, podczas gdy zastał go niemal całkowicie opustoszałym. Większość współczesnych mu historyków i kronikarzy uważała go za męża stanu, wyzwoliciela spod tyranii i obrońcę przed „francuskimi barbarzyńcami”.
Szwajcarski teolog i historyk chrześcijaństwa Philip Schaff stwierdził, że nadszarpnięty za pontyfikatu Aleksandra VI wizerunek Stolicy Piotrowej został odbudowany przez Juliusza II dzięki uniknięciu skandali wewnętrznych (pomimo że papież miał co najmniej jedno nieślubne dziecko). Jako poważny błąd papieża uznał brak reformy kościelnej, a jedynie skupienie się na zjednoczeniu Państwa Kościelnego.
Związany z Medyceuszami, XV-wieczny historyk i polityk, Francesco Guicciardini twierdził, że Juliusz II nie ma nic wspólnego ze stanem duchownym, z wyjątkiem noszenia sutanny. Badacz historii papiestwa Ludwig von Pastor odrzucił tę teorię, jako niesprawiedliwą. Pastor twierdził, że della Rovere, dopóki zdrowie mu na to pozwalało, dobrze wypełniał obowiązki kapłańskie. Jego zdaniem papież był jednym z największych następców św. Piotra od czasów Innocentego III.