Despotyczny sposób organizacji osiedli, w których wprowadzony skrajnie surowy rygor, doprowadził do porażki całego przedsięwzięcia – w osiedlach dochodziło do zamieszek i buntów, przez co następca Aleksandra I Mikołaj I polecił ich rozwiązanie.
W latach 1823–1824 Arakczejew był związany z tzw. „prawosławną opozycją” lub „partią rosyjską” – grupą konserwatywnych działaczy państwowych i cerkiewnych (m.in. metropolita petersburski Serafin (Głagolewski)). Przyczynił się do wydania zakazu działania lóż masońskich w Rosji oraz do zdymisjonowania w 1824 Aleksandra Golicyna, ministra spraw duchownych i oświecenia narodowego, którego oskarżono o niedostateczną pobożnośćJan Kucharzewski, Epoka Paskiewiczowska, s. 11..
W czerwcu 1825 Aleksander I polecił Arakczejewowi udaremnić spisek organizacji dekabrystów, wykryty przez tajną policję. Generał nie podjął jednak natychmiastowych działań, wstrząśnięty zamordowaniem swojej wieloletniej faworytki – Nastazji Minkiny, ekonomki z jego majątku Gruzino. Po nieoczekiwanej śmierci cara w tym samym roku i objęciu tronu przez jego brata Mikołaja I Arakczejew został zdymisjonowany z pełnionych stanowisk.