Król August II Mocny w 1713 zakupił pałac Morsztyna na swoją rezydencję i zaczął przyłączać do niego sąsiadujące tereny, także teren klasztoru i kościoła bonifratrów. W związku z tym przeznaczył 12 000 talarów bitych na budowę nowego kościoła na miejscu, w którym znajduje się obecnie. Prace rozpoczęto w 1728 a kilka lat później biskup poznański Jan Tarło poświęcił kościół i klasztor.
Kiedy budowano kościół, postawiono także budynek szpitalny. Początkowo było w nim zaledwie 8 łóżek. Dopiero w 1760 książę August Czartoryski, wojewoda ruski, wybudował nową salę chorych na 34 łóżka i kilka pomieszczeń pomocniczych. Także budowniczy kościoła (architekt) Jakub Fontana w swoim testamencie z dnia 20 marca 1773 zapisał 74 000 złp. na utrzymanie i lekarstwa dla chorych. Zapis ten zatwierdził sejm delegacyjny w 1775.
Początkowo bracia zakonni (w tym prowincjał i przeor) nie byli księżmi a tylko zakrystianin i kapelan sprawowali posługę kapłańską. Z czasem bracia miłosierdzia zainteresowali się medycyną. Były prowincjał zakonu w Polsce Paschal Stirzelheimer otrzymał doktorat z medycyny w Zamościu.
Powołany w przypisach J. Bartoszewicz tak opisuje nadanie P.