Do Toskanii wrócił dopiero w 1708 roku, jednak unikał dworu swego ojca, który był bigotem i otaczał się ludźmi Kościoła. W 1713 zmarł jego starszy brat i Jan Gaston został następcą tronu.
Jan Gaston został władcą Toskanii (1723) w wieku 52 lat. Zerwał z polityką ojca i zaczął zwalczać polityczne wpływy Kościoła oraz odwołał restrykcje wymierzone w Żydów. Ponieważ jednak los dynastii Medyceuszy był już przesądzony, nie był w stanie powstrzymać targów wielkich mocarstw o własne ziemie. Poróżniony z siostrą, która owdowiawszy wówczas również przebywała w Toskanii, powierzył znaczną część obowiązków wdowie po swoim bracie – Jolancie Bawarskiej (1673-1731). Z powodu nieregularnego trybu życia (pijaństwo) książę stał się przedwcześnie otyłym, zniedołężniałym człowiekiem. W roku 1730 zwichnął sobie nogę w kostce i z rzadka opuszczał łóżko. Jeszcze za jego życia mocarstwa europejskie postanowiły nadać Toskanię najpierw hiszpańskim Burbonom, a później austriackim Habsburgom.